学院从1960年开始分建与扩建：将炮兵、装甲兵、工兵的常规专业和刚刚新建的防化兵工程系调出，交给有关兵种，扩建为单独的兵种工程技术学院，形成今天的南京理工大学、装甲兵工程学院、工程兵工程学院（现为解放军理工大学一部分）和防化兵指挥工程学院；将空军工程系中的机场建筑、航空气象2专业和海军工程系中的舰炮、舰炮指挥仪、鱼雷、水雷、舰船消磁5专业与空军、海军的学校合并，成为更完整的工程技术院校（形成后来的空军工程大学、海军工程大学的一部分）；保留空军、海军工程系中的专业和1959年2月新建的导弹工程系；将附属于导弹工程系的原子科扩大为原子工程系；将空军、海军、炮兵的雷达、无线电专业集中，扩建为电子工程系。